Es una estrategia diseñada por ambos países con el objeto de elevar el nivel de vida de las poblaciones del norte y nor oriente del Perú y del sur y oriente del Ecuador, realizando actividades y ejecutando proyectos que permitan integrar económicamente la región, acelerar su desarrollo productivo y social, y superar la situación de atraso respecto al resto de los territorios de estos países.



La ejecución del Plan Binacional está prevista para un período de 10 años (2000-2009). Dicho periodo ha sido prorrogado por 5 años más, es decir, hasta el 2013, decisión adoptada en la última Reunión Binacional de Gabinetes de Ministros con la asistencia de los mandatarios de Perú y Ecuador.

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El Plan Binacional recibe las orientaciones generales para su funcionamiento y buena marcha de la Comisión de Vecindad, que es la instancia política y representativa establecida, bajo la presidencia de los Ministros de Relaciones Exteriores, para impulsar, apoyar y coordinar los programas, proyectos y actividades que generen acercamiento y comunidad de intereses entre Perú y Ecuador.​​