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​1- Directorio Ejecutivo Binacional:
Es el órgano ejecutivo del Plan Binacional constituido por los Capítulos Peruano y Ecuatoriano. Está integrado por 8 directores, cuatro de cada país, que se reúnen periódicamente, en forma alternada, en la zona fronteriza para evaluar el avance del Plan Binacional.



​2- Fondo Binacional para la Paz y el Desarrollo:
Es el mecanismo creado con el objeto de promover, captar y administrar los recursos financieros no reembolsables para poner en marcha proyectos y actividades previstos en el Plan Binacional.

El Fondo Binacional se constituyó principalmente con los aportes iniciales ("Capital Semilla") provenientes de los gobiernos del Perú y del Ecuador y de algunos países amigos. Dispone de cuatro Ventanillas o áreas de acceso concebidas para financiar directamente los proyectos pequeños y medianos incluidos en los programas del Plan Binacional, así como los estudios y trabajos requeridos para llevarlos a cabo:

Ventanilla 1: Preparación de proyectos para la promoción de la inversión privada y estudios especiales.
Ventanilla 2: Ejecución de proyectos de infraestructura social, productiva, ambiental y de servicios.
Ventanilla 3: Ejecución de proyectos de participación ciudadana y desarrollo comunitario.
Ventanilla 4: Promoción de la mediana, pequeña y micro empresa.



​3- Comité Coordinador Binacional:
Constituido por los Directores Ejecutivos de los Capítulos Peruano y Ecuatoriano del Plan Binacional y el Secretario Ejecutivo del Fondo Binacional para la Paz y el Desarrollo (mecanismo financiero del Plan Binacional). Está integrado por un equipo técnico que apoya el proceso de captación de nuevos recursos y su canalización hacia la Región Fronteriza, así como la evaluación y el seguimiento de los proyectos a fin de asegurar una adecuada coordinación en las acciones de los dos países.

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4- Comité Asesor Internacional-CAI:

Tiene como objetivo apoyar y formular recomendaciones para el cumplimiento de las metas fijadas por el Plan Binacional. Entre sus funciones se encuentran: informarse respecto de los avances en la ejecución de los programas y proyectos del Plan Binacional; colaborar con el Directorio Ejecutivo Binacional en el perfeccionamiento de planes de mediano y largo plazo; destinar las acciones destinadas a la captación de recursos y brindar asesoría al Grupo Binacional de Promoción de la Inversión Privada. Está integrado por representantes de Alemania, Brasil, España, Japón, Italia, Estados Unidos, Unión Europea (incorporado en la II reunión del CAI, marzo 2002), Corporación Andina de Fomento (CAF), Banco Interamericano de Desarrollo (BID) -quien además lo preside- y del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD).

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5- Grupo Binacional de Promoción de la Inversión Privada-GBPIP: ​

Encargado de promover las inversiones de empresarios peruanos, ecuatorianos o extranjeros en proyectos binacionales o nacionales ubicados en la Región Fronteriza. El Grupo identifica y promueve las áreas y proyectos de inversión existentes y los difunde entre los potenciales inversionistas del sector privado.

El GBPIP está conformado por diez (10) miembros: los Directores Ejecutivos de ambos Capítulos del Plan Binacional, cuatro (4) empresarios peruanos y cuatro (4) empresarios ecuatorianos.

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