El Plan Binacional realiza una intensa actividad al promover proyectos orientados a mejorar los indicadores sociales, culturales y educativos en las poblaciones de la zona fronteriza Perú-Ecuador, especialmente, propiciando la ampliación de las oportunidades para sus habitantes, aumentando sus derechos y capacidades. La participación, la equidad de género, las garantías de los derechos humanos y otros son valores reconocidos como necesarios para ser creativos y vivir en paz.

En esta perspectiva se vienen ejecutando y planificando los siguientes proyectos binacionales:

El proyecto "Promoción del Desarrollo Humano Sostenible en el Río Santiago" busca mejorar la calidad de vida de los pobladores de las comunidades que viven a lo largo del Río Santiago (Perú-Ecuador). Actualmente se desarrolla la Fase II del proyecto, iniciada en 2005 y programada su culminación en 2009, beneficiando de manera directa a 10,954 pobladores. El proyecto enfatiza la educación intercultural bilingüe, y las practicas de salud con enfoque intercultural, así como la afirmación de derechos y de las capacidades locales para el desarrollo.

Por su parte, el "Programa de Cooperación Socio Sanitaria en Apoyo al Plan Binacional de Desarrollo de la Región Fronteriza Perú – Ecuador" propone mejorar el acceso de la población de frontera a servicios de salud de calidad, mediante el fortalecimiento y articulación de una red binacional transfronteriza de salud. Se desarrolla en Ecuador (cantones de Macará, Sozoranga y Zapotillo, en la provincia de Loja) y en Perú (provincias de Ayabaca y Sullana, en la región Piura).

El reciente proyecto en ejecución de "Fortalecimiento de Capacidades para la Gestión Social Concertada de los Gobiernos Locales" se orienta a fortalecer la institucionalidad local y los mecanismos de cooperación solidaria entre Perú y Ecuador. La población objetivo está constituida por autoridades políticas y líderes civiles de las regiones beneficiarias, que son un total de 280 personas pertenecientes a las provincias de Huancabamba, Sullana y Ayabaca, Piura.

El Proyecto "Formación Integral y Técnica de Jóvenes y Adolescentes de Zonas Rurales Vulnerables", dirigida a potenciar las vocaciones productivas de la zona andina (componente región fronteriza Perú – Ecuador) cuenta con financiamiento de la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo, AECID.

Finalmente, el Proyecto "Mejora de la Calidad de Vida y de las Alternativas de Desarrollo de los Habitantes de Caseríos Fronterizos Peruanos del Distrito de Lancones – Piura" fomenta la salud básica y la calidad educativa pública de poblaciones rurales, a través de la implementación de servicios de saneamiento articulados a un programa de educación sanitaria. Se ejecuta en Lancones, Piura.