La participación y esfuerzo de los responsables sectoriales del gobierno central ha sido fundamental en el financiamiento y ejecución de los proyectos en la región fronteriza. El Plan Binacional propicia la articulación y complementación de las actuaciones de sus socios estratégicos en las intervenciones intersectoriales, que se completan con la participación de los gobiernos regionales y, especialmente, con la de los gobiernos locales en el proceso de identificación y priorización de proyectos. Entre los principales organismos públicos que intervienen en el ámbito del Plan Binacional se destacan:



​Ministerio de Energía y Minas - MEM

Un importante programa de electrificación en la región fronteriza, que demanda una inversión de US$ 150,70 millones, viene siendo implementado mayoritariamente por el MEM a través de su Dirección General de Electrificación Rural (96% de la inversión); la diferencia es ejecutada por otros organismos como el Fondo de Cooperación para el Desarrollo Social (FONCODES) del Ministerio de la Mujer y Desarrollo Social, gobiernos regionales y municipales.



Ministerio de Transportes y Comunicaciones - MTC:

El monto de la inversión comprometida en proyectos de infraestructura de transportes alcanza los US$ 256,50 millones; de ese monto, el MTC ejecuta aproximadamente el 89,9% (US$ 230,57 millones) financiada con recursos nacionales y donaciones; la diferencia compete directamente a otros organismos como FONCODES, gobiernos regionales y locales.



Ministerio de Vivienda Construcción y Saneamiento - MVCS:

Las inversiones en agua y saneamiento comprometidas para la región fronteriza alcanzan los US$ 225,51 millones, incluida la cooperación no reembolsable para la concesión del sistema de saneamiento de Tumbes; de ese monto, US$ 205,54 millones lo viene ejecutando directamente el MVCS y la diferencia otros organismos como FONCODES, gobiernos regionales y locales y ONG.

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Otros organismos e instituciones públicas como el Ministerio de Salud y el Ministerio de Educación, FONCODES del Ministerio de la Mujer y Desarrollo Social, el Instituto Nacional de Desarrollo - INADE y el Instituto de Recursos Naturales - INRENA del Ministerio de Agricultura, gobiernos regionales y municipales de la zona, intervienen en otros sectores  con una inversión del orden de los US$ 150,26 millones.